接在小肠后面的大肠，是将小肠消化吸收后的残余物，吸收其水分后形成粪便。大肠不会进行养分吸收的工作。如果大肠水分吸收不良，就会出现拉肚子的状况。大肠里有非常多的细菌，而在胃及十二指肠中，几乎没有细菌存在。从空肠开始出现细菌，而大肠更是充满了细菌。肠内可发现约100种、总数达100兆个细菌，它们大都存在于大肠中。
肠内的细菌可分为三种：一种是对身体有益的有益菌，另一种是危害健康的有害菌，第三种是介于两者之间的伺机菌。
有益菌以双歧杆菌最广为人知。双歧杆菌可抑制有害菌的增生，并促进维生素的合成。有害菌最具代表性的就是魏氏梭状芽孢杆菌，这种细菌会分解食物，产生有害气体及致癌物质。肠内双歧杆菌增加，则制造有害物质的有害菌就不容易繁殖。